Die ENDOAkademie hat es sich zum Ziel gesetzt, das Ausbildungsangebot in Theorie und Praxis in den verschiedenen Bereichen der flexiblen Endoskopie zu verbessern. Hierzu wurde, basierend auf den Vorschlägen der Deutschen Gesellschaft für Verdauungs- und Stoffwechselkrankheiten (DGVS), ein multizentrisches Kurssystem entwickelt, das eine strukturierte und didaktisch optimierte praeklinische Ausbildung am Modell ermöglicht. Die ENDOAkademie wurde Ende 2006 als Gesellschaft bürgerlichen Rechts gegründet und im September 2010 in einen “e.V.” umgewandelt.